Gotham eddigi második évadának nagy része Jerome Velasco-ra (Cameron Monaghan), a vörös hajú és kísérteties nevetésű gyerekre összpontosított, akinek sok néző úgy gondolta, hogy végül Jokerré válik. Az 1. évadban érkezett a helyszínre, édesanyja meggyilkolásával vádolták és Arkham Menedékjogában börtönbe vették, de Theo Galavan (néhány másik válogatott) együtt szabadon engedték (James Frain).
Míg Theo büntetőmester és nővére, Tabitha lassan átvette a Gotham City irányítását, az új bűncselekmény-főnök, Oswald Cobblepot, más néven a Penguin (Robin Lord Taylor) gyanúsan hiányzik. Alacsonyan feküdt, de a Cobblepot most bosszút állva tér vissza a show-ra. A múlt heti epizódban Theo hibát követett el, mert elrabolta Cobblepot anyját és zsarolta Cobblepotot, hogy felmenjen a polgármesterre. Ennek eredményeként Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), a GCPD új kapitánya új csapatait a Penguinra állította.
A jövő hétfő epizódjának (fent) egy új klipje, a "Scarification" címet viseli, és az új csapásos erők a Penguin egyik műveletét támadják meg, és egy rakétavető fogadja őket. Ez egyértelműen újdonság Barnes kapitány számára, akit igazán meglep a fejlett fegyverzet, Harvey Bullock (Donal Logue) pedig egyszerűen azt válaszolja, hogy "Üdvözöljük Gothamben, Cap."
Barnes kapitány új érdekes kiegészítésnek bizonyul Gotham számára, mert nem a város szabályai szerint játszik. Ezután beleegyezik, hogy megüti a Mercyt, amelyet James Gordon (Ben McKenzie) szerint a városban található nehéz fegyverek nagy részét eladja, bár ezek eddig érintetlenek maradtak a városi tanács felének kifizetésével. Valószínűleg biztonságos azt mondani, hogy a pingvin nem fog örülni, hogy Gordon felfedi ezt a kis információt.
Természetesen, amint Barnes kapitány folytatja a bűnözés elleni küzdelmet Gotham Cityben, a Galavannak és a Penguinnak meg kell javítania saját műveleteit. A kettő összekapcsolja erőit ezen a héten egy másik Gotham veszélyes családjával, és a Waynes és a galavánok közötti újjászülető versengés Gordon kezét szintén meg fogja tartani.
Az ügyek nyilvánvalóan csak sokkal rosszabbá válnak mindenki számára Gotham Cityben, előkészítve az utat Bruce Wayne számára, hogy végül Batmanré váljon. A Galavan és a Penguin új fegyverszünete csak ideiglenes, mivel Mrs. Cobblepot még mindig fogva tartják. Egy csomó új gazemberek emelkednek, köztük Edward Nygma, aki ketyegő időzített bomba vár, hogy megtörténjen. És amint Barnes kapitány egyre nagyobb nyomást gyakorol a bűnözésre Gothamban, a gazemberek egyre inkább visszalépnek.
Gotham visszatér a „Skarifikációval” jövő hétfőn, 8 órakor a FOX-on.